En un comunicado de prensa, los cuatro miembros de la Auditoria General de la Nación en representación de gobierno y del oficialismo parlamentario expresaron que la institución de control investigará los fondos girados a las concesionarias en concepto de subsidios operativos. El anuncio corre por un lado el foco a las críticas a la Secretaría de Transporte, pero por otro supone una futura investigación del uso que dieron los privados a fondos públicos. Un eventual informe crítico podría ser parte de los fundamentos al momento de revocarse una u otra concesión ferroviaria vigente.
El esquema de subsidios actual, vigente desde 2002 y expandido fuertemente por Ricardo Jaime, fue objeto de cuestionamientos de todo el arco político opositor en lo que hace a su transparencia. Tal es asi que Juan Pablo Schiavi, actual secretario de Transporte, hizo pública su intención de reemplazar el actual esquema por uno de reparto focalizado a través de la tarjeta SUBE. De esta forma, se combatiría la falta de transparencia en el reparto de fondos, a la vez que se reducirían fuertemente las erogaciones fiscales al permitirse un aumento de las tarifas a sus valores de mercado para los que no gozarán de subsidios.
Esta preocupación de la Auditoria General aflora luego de que el secretario Schaivi se refiriera en duros términos respecto al presidente del organismo de control, el radical Leandro Despouy, quien facilitó al diario Clarín un informe sobre irregularidades en obras ferroviarias por $ 1800 millones. En el texto, expresan que “repudiamos la utilización política, personal y electoral de los informes de auditoría que deben ser instrumentos de asesoramiento al Congreso de la Nación y deben tener como principal objetivo la colaboración con la administración para una mayor eficacia, economía y eficiencia”.